*眼睛具有調節焦距的能力，調節容纳不同量的光線，校正球面的像差和色彩的色差的完美設計，我坦白地承認，假定眼睛是透過自然選擇而演化形成的假說，好像是極其荒谬的。
—-*物種起源第六章：極其完美和複雜的器官 （Charles Robert Darwin）
眼睛是靈魂之窗，人類的所有知覺有七成來自於視覺。眼睛的演化一直是演化論中的重要爭議。
眼睛是演化還是造物者設計
神導論者認為眼睛這麼複雜這麼完美，只有可能出自造物者的設計，不可能是演化來的；演化論者則認為，其實眼睛並不完美：眼睛有視覺盲點、光線要穿過整個眼球才會到感光細胞。視網膜跟眼球很容易就剝離了。
PAX6 基因
動物的眼睛有著高度的共性但同時又具備多樣性，這種特性來我們發現來自一個名為「PAX6」的古老的基因，這個基因在神經系統和眼睛發育起著關鍵作用，令人感到驚奇的是哺乳動物的PAX6的基因，也可以在昆蟲上面發現類似功能的基因。
可以從這張圖片發現 PAX6 會使得多種物種的眼睛形態和功能發生相似的表型改變。
所以1995年瑞士Walter Gehring發現了一個決定果蠅複眼發育的主控基因，並推論眼睛發育最上游的調控機制可能在演化上只產生過一次，也就是說各類視覺器官都有可能源自同一祖先。這觀點出來，可讓造物論者與演化論者還有生物學家討論的不亦樂乎，各說各話。
視覺演化的三個頂峰
動物目前演化出來許許多多的精緻複雜的眼睛，目前視覺演化的三大頂峰為脊索動物的脊索亞門、節肢動物的昆蟲綱、軟體動物門的八腕目。
人類眼睛有著不完美的進化
脊索亞門的眼睛在很久以前如前文所述，發生了演化，整個眼睛倒了過來，外界的光線要進來眼睛要經過重重的結構與血管到神經纖維層，然後最後才抵達達感光細胞的色素部分。之後視覺訊號要在逆向反傳回到神經纖維層再傳向大腦皮質區，所以脊索亞門的眼睛由於這種逆向反傳的方式，會有盲點。
Squid eye 魷魚的眼睛
By wildxplorer – Flickr, CC BY 2.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=9867460
相比之下，軟體動物的眼睛似乎就進步許多，它們沒有翻轉的演化，不像人類的眼睛感光細胞色素接受之後還要往外回傳給神經纖維層。它們感光色素細胞初期會暴露在外面，然後慢慢演化凹陷，形成針孔成像，進而發展出晶體與虹膜等結構來調焦。它們沒有盲點，感光細胞就位於視網膜上面，接受訊號後直接內傳。
下圖 1:視網膜 2.神經纖維 3 視神經 4盲點
人類眼睛處理視覺步驟是2-1-2-3先穿透（神經纖維）到（視網膜）在回來（神經纖維），從（視神經）傳到大腦皮質區。視神經匯聚處沒有視網膜感光細胞即是（盲點）
軟體動物眼睛處理視覺步驟是1-2-3 直接傳送，比人類更進步。
由 Caerbannog – Own Work, based on Image:Evolution_eye.png created by Jerry Crimson Mann 07:07, 2 August 2005 UTC (itself under GFDL)., CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=4676307
動態視力的王者-節肢動物
節肢動物用複眼來看這個世界
而在動態視力上的演化，節肢動物卻擁有優勢，它們外殼堅硬，不太適合發展針孔視覺，所以衍生出複眼的方式，不用針孔，用陣列的方式來看這個世界，形成獨特的複眼，而這樣的方式由於沒有演化出水晶體與虹膜，缺乏調焦能力，沒有辦法分辨細節，但分辨動態的能力卻大大勝過我們，我想即使李安導演的「比利·林恩的中場戰事」是每秒120幀的格式拍攝，叫他們來看也只是一張一張的幻燈片吧！
用進廢退並不是演化論的觀點，能存活下來也不一定是有特別的優勢。
此時我們又陷入疑惑了。脊索亞門為何在演化上選擇這種方式呢？眼睛真的是人類演化的遺跡嗎？莫非這種方式在某個時間點是很重要的特徵呢？或者是控制翻轉的基因在演化上也調控了其他特徵，而這特質有優勢，所以我們還是保存了此基因，即使它對於眼睛有不完美之處？這是眼睛的難題，也是我們現在的未解之謎。
